Датой основания музея считается 24 февраля 1905 года, когда он был учрежден губернским статистическим комитетом как музей Северного Кавказа краеведческого профиля.

Экспозиция музея дает краткую историческую, социально-культурную и естественно-географическую характеристику Ставрополья на примере наиболее ценных коллекций и экспонатов. Экскурсионный маршрут проходит по семи залам музея: палеонтологии, зоологии, минералогии, археологии, этнографии, современной истории — и заканчивается в музейном дворике, в лапидарной экспозиции «Посланники былых миров Ставропольской степи и Кавказского предгорья».

Также вниманию посетителей предлагается экспозиция «История Ставрополя: из прошлого в будущее», расположенная на цокольном этаже музея. Ее основу составляют достоверные научные данные, материализованные в подлинниках и точных копиях предметов, фотографий и документов.

1 января 2012 года музей приобрел статус государственного бюджетного учреждения культуры Ставропольского края «Ставропольский государственный историко-культурный и природно-ландшафтный музей-заповедник имени Г.Н. Прозрителева и Г.К. Праве». Основной фонд насчитывает более 250 000 единиц, научно-вспомогательный — более 70 000 единиц хранения.