Музей начал свою работу в 1884 году одновременно с Обществом изучения Амурского края.

Главный корпус музея расположен в здании, которое является памятником градостроительной архитектуры XX века и построено одним из компаньонов крупнейшей торгово-промышленной компании Дальнего Востока «Торговый дом «Чурин и Касьянов» Василием Петровичем Бабинцевым.

Метлахская плитка, кирпичные стены и старинные лестницы бывшего доходного дома являются его первозданными «экспонатами».

На сегодняшний день площадка главного корпуса музея представляет собой масштабное и содержательное выставочное пространство. Постоянные экспозиции, посвященные истории, культуре города и края, объединены с форматом временных выставок, что позволяет презентовать лучшее из коллекций, используя принципы сменяемости, мобильности, смешения традиционных и новых музейных технологий.